Структуру АНО «Юридический институт «М-Логос» составляют администрация, научный отдел, профессорско-преподавательский состав (педагогические работники), учебный отдел, отдел продаж, отдел рекламы, бухгалтерия, отдел по работе с персоналом.
 
Органами управления АНО «Юридический институт «М-Логос» являются:
— Общее собрание учредителей Организации;
— Совет Организации;
— Педагогический совет Организации;
— Общее собрание (конференция) работников Организации;
— Единоличный исполнительный орган – Директор.
 
Компетенция органов управления определяется Уставом Института.